專利的文字都是律師事務所的法律專業人士的手筆，並非琳山老師親手所寫；但其內容都是琳山老師所提供，而且每一字每一句琳山老師都參與斟酌決定。所以專利可以算是「半著作」，因此列入「著作篇」。

琳山老師早在史丹福大學做博士生的年代，就不斷聽到四周的老師同學們提到「專利」；大家常說：工程師必須深入瞭解專利，並多加運用相關知識，才有辦法適度保障自己的權益。他因此也隨時注意，並儘可能學到一些專利的基礎知識。事實上他拿到博士後，在加州工作的兩年中，就把他自己的博士論文中的核心技術，拿去申請美國專利；並真的獲得美國專利局核准，成為他一生中的第一項專利。他很有信心，認為自己的博士論文的核心技術的創意是非常高的，要拿到專利，一定有機會；雖然他完全不知道，那項發明未來有沒有機會變成「有價值」的專利，而只是把自己的博士論文當成例題，來練習專利申請，讓他自己對專利業務更加瞭解熟悉而已。

任何人有了新發明，如果寫成論文發表（學位論文、會議論文、期刊論文等），就是公諸於世，人人都可以拿來用，只是不能有「商業行為」（量產、銷售、收費等）；如擬執行商業行為，就需要向原發明人取得「授權」，如果原發明人擁有專利的話。每一個國家都有其自行制定的專利相關法令，各國各有略不相同的規定，其執行範圍限於該國國境之內。一項發明如果希望行銷不只一個國家，就需要一一申請那些國家的專利。基本上凡已公諸於世的知識不能申請專利，因此已在論文中公開發表的發明，原則上不能申請專利；所以專利申請通常需要在論文發表前，先行提出，雖然有的國家的法令會允許論文發表半年或一年內仍可提出專利申請。

專利申請最關鍵的部分，是撰寫申請書中的「發明描述」及「申請專利範圍」。一般的建議是：一定要請有法律專業或素養的人來協助撰寫，寫出來的專利才有可能保障權益；欠缺相關法律專業或素養的人寫的，雖也有機會申請到專利，但別人很容易設法繞過工程師自己寫的「申請專利範圍」，做出不侵犯此一專利的產品去銷售。「申請專利範圍」應框出該發明「觀念上的創新點」，這些「創新點」比較不容易被繞過；而非一般工程師習慣的描述這東西如何做出來，因為別人可能很容易做出一件略不同的東西，就繞過了它。「發明描述」需清楚說明這裡所描述的只是「一種實現該發明的方法舉例」，該發明的「觀念上的創新點」當然還存在許多不同的方法來實現，也都應該被框在「申請專利範圍」之內，即使沒有明文寫出來。當然，很多法律用詞用語都是工程師不會的。

琳山老師的做法，是聽多數人的建議，找法律事務所的專業人員來寫申請書；但這些法律事務所的專業人員，當然不瞭解琳山老師的工程技術，因此琳山老師必須花很大的功夫，和法律事務所的專業人員溝通，讓他們瞭解他的技術精髓所在，才能寫出好的申請書「初稿」；琳山老師再仔細讀初稿，和法律專業人員仔細討論，斟酌修改初稿的文字，才能獲致較理想的申請書。申請的審查過程也很繁瑣，因為任何國家政府的專利單位，一定會請一群審查委員來審查；他們的任務就是「在雞蛋中挑骨頭」，和期刊論文的審查委員一樣，會找出各種理由，尤其是找到公開文獻中已發表的論文或是已核定的專利中，有與此申請案的內容相近或相關者，就用來對申請案中的「申請專利範圍」，逐條一一予以核駁。通常琳山老師和法律事務所人員費很大心力寫好的「申請專利範圍」，在第一次審查意見回來時，幾乎一定被核駁得體無完膚。此時琳山老師就需要與法律事務所的專業人員再仔細討論，或是一一加以反覆說明或辯駁，或是核駁其實有理，只好遵照核駁意見，修改「申請專利範圍」。如此反覆來回許多次，通常都要經過至少 2, 3 年的時間，最後專利才被核准。

由於專利申請必須在論文公開發表前提出，常有時間上的急迫性；為了掌握時間，琳山老師常常會先自行聯繫法律事務所，自費提出申請；若干年後，相關單位有了較完善的制度，例如國科會所補助的研究計畫所產出之成果，其智財權屬於國科會或臺大（亦即國有財產），如發明人已自行申請專利者，可將專利權轉讓給國科會，並由國科會、臺大、發明人共享其權益，此時發明人可繳交自費申請時的支出單據，請國科會予以歸墊等等。因此琳山老師的不少專利是有 2 張不同的專利證書的；一張上面的「發明人」和「專利權人」都寫著「李琳山」，那是他自費申請的；另一張上面的「專利權人」改為「國科會」，那是他後來轉讓給國科會的。

很多人好奇，琳山老師有不少重要的發明，也有不少專利，有獲得多少收益嗎？他的答案是「完全沒有」。今日各種智慧型手機上的，諸多華語語音技術的相關應用軟體，都使用了琳山老師的發明或研究成果，全球華人均普遍使用，這是眾所週知的；這些技術相信都被琳山老師的專利所框列到。琳山老師說，專利並不是要做出一件東西才能申請；只要有具體可行的想法，寫成申請書，可以說服專利審查委員，就可以申請到專利。琳山老師通常為了掌握時間，都在有了完整的觀念想法，可以寫成專利申請書時，就在第一時間提出申請，比技術真的做出來常常早了好幾年；而這些手機上的成功產品都是在他的技術做出來的至少十多年後才問世。這些專利到了真正「有價值」時，都已過期了。一般各國都規定，專利的有效期限是申請日或核准日或公告日起算十多年內，最多不超過 20 年；過期以後，專利就是公諸於世的，人人都可以進行商業行為的技術了。